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标本正对通光孔的中心位置与标本片已经放在载物台上时，如果目镜只能看见亮的光圈，可能有以下原因：
1、标本没有放置正确或没有聚焦：确保标本是放置在载物台的正确位置，并且已经通过调节焦距使得标本清晰，如果标本偏离了通光孔的中心位置，或者没有正确对焦，可能会导致无法看清标本。
2、光源问题：通光孔的光源可能不够亮或设置不当，检查光源并确保其正常工作，同时调整光源的亮度，使之适应标本的观察。
3、镜头或目镜脏污或损坏：镜头或目镜可能被污垢遮挡或损坏，导致无法看清标本，检查镜头和目镜，如有必要进行清洁或更换。
为了更好地观察标本，建议调整标本的位置和焦距，确保标本位于通光孔的中心位置并聚焦清晰，同时检查光源和镜头或目镜的状况，确保它们正常工作并能够清晰地看到标本的细节，如果问题仍然存在，可能需要寻求专业人士的帮助进行进一步的检查和调整。